敦煌市人民检察院目前共有内设机构5个，即办公室、政治部、第一、第二、第三检察部。现有中央政法专项编制32个，在编30人，工勤编制2个，在编2人，省聘书记员15人，公益性岗位1人，自聘人员2人。现有院党组班子成员5名，其中党组书记、检察长1名，党组成员、副检察长2名，党组成员、政治部主任1名，其他1名。现有副县级领导干部1名，正科级领导干部11名，副科级领导干部9名，一般干部9名。现有员额检察官11名，司法行政人员6名，检察辅助人员13名。

敦煌市人民检察院在中共敦煌市委和上级检察院的坚强领导下，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为统领，坚持党对检察工作的绝对领导，坚持以人民为中心的发展思想，紧紧围绕敦煌经济社会发展大局，忠实履行宪法和法律赋予的法律监督职责，聚焦司法办案、司法改革和队伍建设，持续推动检察工作现代化。近年来，先后荣获“全国先进基层检察院”“全国检察文化建设示范院”“全国检察机关文明接待示范窗口”“全国检察机关计财装备工作先进单位”“全国优秀青少年维权岗”、甘肃省文明单位、全省检察机关科技强检示范院、酒泉市先进基层党组织等荣誉。